„Uczelnia Liderów”, jak większość polskich i międzynarodowych programów akredytacyjnych (np. ISO, Akredytacja Uniwersyteckiej Komisji Akredytacyjnej, Akredytacja SEM FORUM, Wiarygodna Szkoła, „Teraz Polska”, „Polska Nagroda Jakości”), przewiduje opłatę. Akredytacje środowiskowe, a do takich należy „Uczelnia Liderów”, nie korzystają bowiem ze środków publicznych – realizowane są przez organizacje pozarządowe lub instytucje branżowe. Program „Uczelnia Liderów” w części merytorycznej finansowany jest w większości ze środków Fundacji Rozwoju Edukacji i Szkolnictwa Wyższego. Pozostała część kosztów projektu, w tym m.in.:
-koszty związane z obsługą wyjazdów audytorskich (np. koszty podróży i zakwaterowania recenzentów oceniających uczelnie),
-koszty związane z prowadzeniem stałego monitoringu jakości polityki edukacyjnej w certyfikowanych uczelniach w okresie obowiązywania certyfikatu (12 miesięcy),
-koszty organizacyjne związane z przygotowaniem gali finałowej Programu,
-koszty związane z promocją i obsługą public relations laureatów i Programu,
-finansowana jest z opłat certyfikacyjnych. Uczestnicy programu „Uczelnia Liderów” wnoszą opłatę wyłącznie w przypadku pozytywnego wyniku procedury akredytacji i otrzymania certyfikatu – szkoły wyższe, które nie uzyskają certyfikatu, nie ponoszą kosztów udziału w projekcie.
Uczestnik Programu, któremu został przyznany certyfikat, zobowiązany jest do uiszczenia na rzecz Organizatora jednorazowej opłaty akredytacyjnej w kwocie:
